Se fundó el 27 de noviembre de 1957. el primer presidente fue el Profesor Dr. Darío Acevedo (14), dando fe de su creación el Profesor Gregory Pincus. Los siguientes presidentes fueron: Humberto Aste (1960 -62), Alfieri Migone (1962 – 64), Manuel Morante (1964 – 66), Federico Moncloa (1966 – 68), Luís Fernández Cano (1967- 1969), Róger Guerra García (1969 – 71), Fausto Garmendia (1971 -73), Eduardo Pretell (1973 – 75), Alfonso Pajuelo (1975 – 77), Rolando Calderón (1977 – 79), Mario Zubiate (1979 – 81), José Alibrandi (1982 – 84), Washington Rodríguez (1984 – 1985), Luís Sobrerilla(1986 – 88), Otto Llerena (1988 – 90), Juan Coyotupa (1990 – 92), José B. Peñaloza (1992 – 94), Augusto Añaños (1994– 96), José Solís (1996 – 98) y María Luisa Saénz, actualmente. Los citados, la mayoría de ellos con estudios de postgrado en el extranjero: Oyotupa, Calderón, Fernández Cano, Guerra García, Moncloa, Pajuelo, Pretell y Soldevilla, en EE.UU.; Añaños Garmendia y Zubiate (Alemania), Morante (España), Peñaloza (Holanda) y Solís (México), organizaron Cursos Internacionales, Congresos y/o jornadas que se realizaban tanto en Lima como en provincias, con la finalidad de difundir esta nueva especialidad. El primer
lugar que se organizó y que fue internacional, fue el V Congreso Panamericano de Endocrinología (1961), del que con mayor extensión nos ocuparemos líneas más abajo. Luego, la siguiente directiva organizó un Cursillo de Endocrinología en el año 1962 a cargo del profesor S. Fajans, conferencias que luego serían reproducidas en el primer número de la Revista de la Sociedad que nació en 1963, siendo su editor Rolando Calderón.
La visita del Dr. Fajans, famoso en ese entonces por haber preconizado el test de Fajans, daría ocasión para que los endocrinólogos de entonces intentaran detectar la diabetes precozmente y, otro hecho interesante, de perfeccionarnos a áreas específicas de la endocrinología.
Durante la gestión de Morante se iniciaron las Jornadas: la I, en Lima (1965); la II, en Chiclayo (1967); la III, en Lima que coincidió con el II Congreso Bolivariano de Endocrinología (1969); la IV, en Trujillo (1971); la V, en Cusco(1973); la VI, en Cajamarca( 1975); la VII, en Ica (1977); la VIII, en Piura (1979); la IX, en Huancayo (1981); y la X, en Lima ( 1983). En los siguientes años los eventos Científicos, pasaron a dominarse Congresos.
El I Congreso se realizó en Lima del 21 al 25 de Noviembre de 1985; fueron invitados para dicho evento los profesores Emilio del Pozo, que vino de Basilea; Pedro Menéndez de París, José Goldman de EE.UU. y Carlos Gurruchari y Mauricio Jadzinsky de Buenos Aires. Hasta el momento se han realizado siete congresos, el último de estos el VII Congreso se realizó del 29 de marzo al 1º de abril de 1998, que coincidió con el XI Congreso Bolivariano de Endocrinología.